ساختار تشکیلاتی داعش هرمی شکل است. "ابوبکر بغدادی" در راس هرم است و تعدادی هیات و شورای نظامی و شرعی در زیر مجموعه قرار دارند.
ابوبكر البغدادي - تصويري كه وزارت خارجه آمريكا از وي منتشر كرده است
"ابراهیم عواد ابراهیم البدری السامرایی" معروف به ابوبکر البغدادی حاکم مطلق داعش است و تمام تصمیم گیری ها و عزل و نصب ها به دست اوست. تعیین امیران و فرماندهان، صدور اوامر شورای نظامی توسط او انجام می گیرد و هر تصمیمی که خلاف نظرش باشد نقض می کند.
شورای نظامی داعش به ریاست "ابواحمد العلوانی" دارای 3 عضو دیگر نیز هست و مهم ترین وظیفه اش برنامه ریزی و مدیریت فرماندهان نظامی و پیگیری عملیات ها است. رئیس شورای نظامی توسط شخص بغدادی و بعد از مشورت با مجلس شورا تعیین می شود.
رئیس مجلس شورا "ابوارکان العامری" است و تعداد اعضایش بین 9 تا 11 نفر از افراد شاخص تشکیلات هستند. این اعضا نیز توسط بغدادی تعیین می شوند.
یکی از وظایف مجلس شورا تایید صلاحیت والیان ولایت ها و اعضای شورای نظامی برای ارائه به بغدادی است. اعضای این مجلس می توانند به صورت نظری، رئیس تشکیلات را برکنار کنند، اما اجرای عملی این تصمیم امری دست نیافتنی است.
هیات های شرعی به ریاست "ابومحمد العانی" دو دسته وظیفه به عهده دارند: 1- قضاوت، حل و فصل منازعات، اقامه حدود و امر به معروف و نهی از منکر. 2- ارشاد، دعوت به عضویت در تشکیلات و صدور فرمان جهاد.
"ابوعلی الانباری" افسر سابق سازمان اطلاعات عراق ریاست این شورا را به عهده دارد. سه تن دیگر از افسران سابق "صدام" دیکتاتور معدوم عراق نیز در این شورا عضویت دارند.
داعش یک موسسه رسانه ای هم دارد که ریاست آن با "ابوالاثیر عمرو العبسی" است و اعضای آن وظیفه اطلاع رسانی الکترونیکی و اداره پایگاه های اینترنتی موسوم به "جهادی" را به عهده دارند.
و در پایان "ابومحمدالعدنانی" سخنگوی داعش است.